Parte de la descripción que hace Josefo de los esenios coincide con los aspectos más místicos o esotéricos de los escritos del Qumran, probablemente provenientes de una secta dentro de este movimiento. Al final de una sección sobre las prácticas y creencias esenias (B.J. 2:119-161) Josefo afirma que estos creían de manera segura en la inmortalidad del alma (2:154-8):Porque es una creencia firme entre ellos el sostener que sus cuerpos son corruptibles y que todos sus accesorios son impermanentes, sin embargo el alma es inmortal e imperecible (άθανά- τουςάε’ι διαμένε,ιν). Emanando del más fino de los ether, las almas han llegado a enredarse, como si se tratase de una prisión, en el cuerpo que las ha arrastrado hacia abajo por una especie de maleficio natural (φυςική) ; 1 5 5 pero una vez que son liberadas de las cadenas de la carne (των κατά ςάρκα δεςμών), entonces, como liberadas de una larga esclavitud, se regocijan y nacen de arriba. El contexto de este escrito se encuentra en la descripción que hace el autor sobre la fortaleza de los esenios frente a la tortura romana (B.J. ־־2:153). En relación a otros textos qumranicos como los de Hodayot vemos que la descripción que hace Josefo respecto al alma como una realidad pre-existente que emana del más fino de los ether es ciertamente una incomprensión de la antropología qumránica. Sin embargo, cuando Josefo habla sobre el alma liberada de las cadenas de la carne y de la prisión del cuerpo bien puede ser eco del dualismo antropológico propio del Qumran. El lenguaje se asemeja al de Sirac 45,4 («έκ πάσηγ σαρκόγ»), Jubileos 31,14 y a los textos qumranicos que hablan sobre la divinisación y transformación del creyente en cuanto se libera de la realidad de la carne o el pecado. Para Josefo σαρξ es una palabra infrecuente (9 veces ) y es usada para hablar de una dimensión presente en los escritos esenicos pero incomprensible para la audiencia griega, esto es la dimensión del pecado e impureza. La transformación o divinisación del justo, atestiguada en la tradición sacerdotal, y confirmada en los textos del Qumran bien puede estar detrás de la descripción que hace Josefo de las creencias respecto a la inmortalidad.
También en sus Antigüedades judías (15:371-2) Josefo menciona que los esenios estaban liberado del juramento de lealtad impuesto por Herodes por la alta estima que éste le tenía al movimiento más allá de su mera naturaleza humana (μείζον τι φρονων έπ’ αύτοίγ ןז κατά την θνητήν φύςιν). Esto no estaría del todo desenfocado porque en general la opinión pública sobre los escenios era considerarlos hombre extraordinarios (την υπέρ τούτων ΰπόληχιν). La superioridad de estos hombres bien pudo haber tenido relación a su experiencias de divinisación, inmortalidad, o angelificación. Todos, fenómenos bien atestiguados en los escritos del Qumran.